Ren Amamiya está prestes a entrar segundo ano do ensino médio após ser transferido para a Academia Shujin, em Tóquio. Após um incidente em particular, a sua Persona desperta, e junto com seus amigos, ele fará parte de um grupo intitulado "Ladrões-fantasmas de Corações", cujo objetivo é corrigir os corações corruptos dos adultos, roubando a fonte de seus desejos deturpados.